Начал играть в теннис в возрасте четырех лет. До восьми лет занимался со своим отцом в домашних условиях. Дебютировал в профессиональном туре в 2001 году. Первые успехи на турнирах ATP пришли в 2003 году, на «Мастерсе» в Майами Фернандо дошел до третьего круга, где уступил соотечественнику Карлосу Мойе. В этом же году дошел до третьего раунда US Open, обыграв во втором круге испанца Томми Робредо.
В 2004 году выиграл первый титул в Валенсии, обыграв по ходу турнира Хуана Карлоса Ферреро. В финале Акапулько проиграл Карлосу Мойе. В паре с Фелисиано Лопесом выиграл титул в Стокгольме. Сезон закончил 36 в мировом рейтинге.
В 2005 году дважды обыграл Энди Роддика: на «Мастерсах» в Майами и в Риме. На US Open впервые в карьере дошел до четвертого круга турнира «Большого шлема», проиграв Яркко Ниеминену.
В 2006 году остановился в четвертом круге «Уимблдона», проиграв Штепанеку. Во второй половине сезона почти все турниры покидал после первого круга.
В 2007 вышел в четвертый круг на «Ролан Гаррос», где уступил Новаку Джоковичу. Вышел в финал в Санкт-Петербурге, который проиграл Энди Мюррею. По итогам сезона поднялся на 27 строчку в мировом рейтинге.
На Australian Open-2008 выбыл во втором круге. В продолжении сезона выиграл турнир в Умаге (Хорватия).
Полуфиналист Открытого чемпионата Австралии – 2009. Четыре раза за сезон доходил до четвертьфинала турниров серии Masters.
Дебютировал за сборную в 2005 году. Чаще всего играет в паре с Фелисиано Лопесом.Фанат мадридского «Реала».
В числе бывших подруг Фернандо – аргентинская теннисистка Гисела Дулко и испанская модель Дафна Фернандес.